Crıspr prıme edıtıng gen düzenleme yaklaşımları kullanılarak Survıval Motor Nöron-2 (SMN2) geni üzerindeki nokta mutasyonların onarım etkinliğinin araştırılması
Tez Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Üsküdar Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, MOLEKÜLER BİYOLOJİ, Türkiye
Tez Danışmanı: Dr. Öğr. Üyesi Cihan Taştan
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Desteklendiği Program: Diğer
Özet:
Spinal Müsküler Atrofi (SMA), SMN1 (Survival Motor Neuron-1) genine bağlı delesyonlar ve mutasyonlar ile fonksiyonel SMN protein ekspresyonunun azalmasıyla ortaya çıkmaktadır. SMA, motor nöron hücre kaybı ve ileri derecede kas güçsüzlüğü ile karakterize, ölümcül bir nöromüsküler hastalıktır. Otozomal resesif bir hastalık olan SMA'nın dünyada görülme sıklığı 1/10.000'dir. SMN proteini, pre-mRNA'nın eklenmesini katalize eden, mRNA'ların ve kodlamayan RNA'ların olgunlaşmasını sağlayan spliceosome kompleksinin oluşumunda moleküler bir şaperon görevi görmektedir. Mevcut SMN1 kodlayan Adeno-ilişkili virüs (AAV) veya SMN2 geni hedefli antisens oligonükleotid (ASO) bazlı tedavi stratejileri, nöron hücrelerinde uzun vadeli stabil SMN ekspresyonu sağlayamadığından, daha etkili yöntemlerin geliştirilmesi gerekmektedir. SMA açısından, literatürdeki önceki çalışmalar, SMA'yı CRISPR stratejisi ile tedavi etmenin mümkün olduğunu göstermektedir. CRISPR-Prime editing (PE) teknolojisi, çift sarmal kırılmasına veya donör DNA dizilerine ihtiyaç duymadan çeşitli genomik modifikasyonları kesin olarak sağlayan yeni nesil bir gen düzenleme yaklaşımıdır. SMA için CRISPR Prime Editing aracılı gen düzenlemesi henüz detaylı olarak araştırılmamıştır. Söz konusu tezdeki amaç ise CRISPR Prime Editing yaklaşımı kullanarak SMN2 geni üzerinde nokta mutasyonlarının tamiriyle SMN protein ekspresyonunun yüksek seviyelere çıkarılmasını ve uzun dönemde stabil tutulmasını sağlamaktır. SMN2 genindeki c.840 C>T dönüşümünün Jurkat hücrelerinde tek bir pegRNA ile sağlanması ilk kez bu çalışmada incelenmiştir. Sonuç olarak CRISPR-PE sisteminin c.840 C>T modifikasyonu ile ekzon 7 katılımının sağlanmasıyla SMN2 gen aktivitesinin ve SMN protein ekspresyonunun kalıcı olarak artırabileceği gösterilmiştir. Bu tez çalışması, CRISPR-Prime Editing yaklaşımının, SMA hastalarından alınan birincil hücre hatlarında ve SMN-düşük nöronal hücrelerde test edilmesine öncü olabilecektir.